10月20日，取得慕尼黑大胜的拿破伦命令军队向维也纳开进。现在的奥地利已经没剩下多少军队了，只有拱卫维也纳的五万皇家近卫军以及现在正在意大利和意大利总督欧仁&m;#8226；博阿尔内作战约翰大公的22，000人和查理大公的80，000人。虽然他们已经取得了巨大的成功，占领了威尼斯等意大利北方重镇。欧仁的意大利方面军也是损失惨重。但由于拿破伦在德意志南部取得了决定性的胜利，超过二十五万的奥军被击毙或俘虏，所以仍然还控制着意大利多数地方的欧仁在奥地利大军的压迫下还是取得了很不错的成绩的。至少他的意大利方面军还有近五万的主力存在。

在得知奥军主力在巴伐利亚基本被全歼以后，约翰大公和查理大公连忙率军撤退，非常不甘心的离开了他们费尽千辛万苦才占领的土地，他们必须回去参加奥地利的生死存亡大战，如果奥地利没了，那么这些占领的土地还有什么用呢？于是在奥军撤退以后，欧仁的大军就随后收复了这些地方，并积极向北挺进，威胁奥地利的南部地区。

虽然法军取得了伟大的胜利，但目前的战况依旧不明朗。虽然奥军主力已经被消灭，但算上正迅速赶回的约翰大公和查理大公的军队，仍然还是能凑够十几万的，要吃掉的话也还是要费一番功夫的。并且还有一个对法军很坏的消息就是库图佐夫的38，000俄军现在已经到了维也纳20英里之外，在他的身后是整个俄国大军总计约226，000人。这是一个非常严峻的问题。

拿破伦最担心的就是俄军。他命令缪拉、苏尔特、达武、莫蒂埃(第四军团的指挥官)和拉纳追踪库图佐夫和残余的奥军以防他们和沙皇亚历山大的军队会合。同时，如果沙皇军队和200，000人的普鲁士军会合，法军将受到俄普奥三军的围攻。而经过连场大战后的法军现在也只有25万人了，幸好第四军团和第九军团已经赶到战场，要不然拿破伦的兵力将更加的捉襟见肘。拿破伦冷静地判断了形势：即使普军会同俄军作战，调动庞大的军队也不是朝夕能成之事；也就是说，可以在俄军和奥军或普军会合之前先吃掉俄军。拿破伦准备将俄、奥、普三军一个一个吃掉，因此他当机立断，力求赶在普鲁士参战前占领维也纳，切断俄军退路——在查理大公率领奥军赶回奥地利之前，把这支俄军包围并消灭在多瑙河以南地区。

位于巴伐利亚的奥格斯堡现在成了法军的主要后方供给地，拿破伦命令贝尔蒂埃将慕尼黑变成战争指挥中心。还有一个很严重的问题困绕着拿破伦，那就是初冬的暴风雪和严寒已经降临，但是法国军人身上穿的仍然是8月从英吉利海峡转移时穿的衣服。由于后勤运输不足的原因，如果不能在寒冬来临之前击败敌军的话，那么法军就很可能输掉这场战争。

为了迅速占领维也纳，抢占奥地利的各种物资，10月22日拿破伦命令休整了两天的各军团迅速向维也纳推进，并且要求欧仁的意大利方面军进攻奥地利南部，尽可能的多牵制一些奥军，以减轻法军的压力。