《本草纲目》改进了中国传统的分类方法，格式比较统一，叙述也比较科学和jing密，例如：把广义的“虫”药扩充到106种，其中昆虫药为73种，分为“卵生”、“化生”和“湿生”三类。对动物和植物的分类学的发展具有很大意义。

《本草纲目》纠正了前人的许多错误之处，如南星与虎掌，本来是同一种药物，过去却误认为两种药物；以前葳蕤、女萎认为是同药，李氏经过鉴别则确认为两种；苏颂在《图经本草》将天花、括楼分为两处，其实是同一种植物；前人误认“马jing入地变为锁阳”、“草子可以变鱼”，一一予以纠正之。并且在本书中还加入了许多新的药物。对某些药物的疗效，李时珍还通过自己的经验作了进一步的描述。本书还载叙了大量宝贵的医学资料，除去大量附方、验方及治验病案外，还有一些有用的医学史料。

本书不仅是一部药物学著作，还是一部具有世界xing影响的博物学著作，书中涉及的内容极为广泛，在生物、化学、天文、地理、地质、采矿乃至于历史方面都有一定的贡献。

《本草纲目》乃是一部集十六世纪以前中国本草学大成的著作，书中所收集的资料广博，“上至坟典，下至传奇，凡有相关，靡不收集”，因此书中不免有些内容与现代的认识不符，甚至有些可能具有迷信的se彩，例如，铅粉辛寒无毒，现代则认为有剧毒的；又如其中人部收录的孝子衣帽、寡妇床头灰、草鞋、男**治蛇咬、女**治“五淋、yin阳易病”、人魄（人吊死后的魂魄）镇惊吓、人肉疗羸瘵（割股疗亲）、人中黄（人粪）治呕血、梁上尘治昏厥等皆可入药。这部分李时珍大多引用《辍耕录》、《本草拾遗》的说法，采以姑妄信之“凡经人用者，皆不可遗”的态度。另外李时珍并驳斥陈藏器的《本草拾遗》，认为吃人肉疗羸瘵是错误的。不过也正由于巨细靡遗的收录，使得一些已散佚的古代医书及本草借由纲目而保存下来。

徐广琛记忆中的一些《本草纲目》中明显的错误有：1、小便不通，数而微肿：用陈久笔头一枚烧灰，水服。（别国人不用毛笔，可出口破毛笔赚取外汇。）2、心痛不止：败笔头三个烧灰，无根水服，立效。（普及书法艺术，否则败笔不够。）3、难产催生：用败笔头一枚烧灰研，生藕汁一盏调下，立产。（关闭妇产医院和妇产科。）4、小儿症瘕：老鼠肉煮汁，作粥食之。染上鼠疫更可怕，就这样治未病？5、三十年耳聋：酒三升，渍牡荆子一升，七ri去滓，任xing饮之这个很好验证嘛，也不试试就写出来，不负责任。显然是胡乱抄来的。6、小儿胎毒：初生时，以韭汁少许灌之，即吐出恶水恶血，永无诸疾。这个也没试过吧，哪个婴儿会吐出恶水恶血？永无诸疾也太夸张了，胡吹，江湖气甚浓。7、牙齿虫：韭菜连根洗捣，同人家地板上泥和，敷痛处腮上，以纸盖住。一时取下，有细虫在泥上，可除根。细虫是江湖医生的魔术把戏，莫非李时珍是走江湖的？8、自缢垂死：葱心刺耳，鼻中有血出，即苏。这个就太雷人了，建议120配备大葱。9、消渴不止：冬瓜一枚削皮，埋湿地中，一月取出，破开取清水ri饮之。或烧熟绞汁饮之。买个冬瓜试试，埋一个月会怎么样？10、小儿客忤，因见生人所致：取来人囟上发十茎、断儿衣带少许，合烧研末。和ru饮儿，即逾。]很有创意嘛，来人是个和尚怎么办？11、鼻血不止：血余，乱发烧灰吹之，立止，永不发。男用母发，女用父发。神奇，后妈后爹行不？12、天行劳复：含头垢枣核大一枚，良。恶心，要吐了！13、一切目疾：耳塞（耳垢）晒干。每以粟许，夜夜点之。怎么想出来的？14、小儿腹胀：父母指爪甲烧灰，敷ru上饮之。可怜天下父母心。15、妊娠尿血：取夫爪甲烧灰，酒服明白什么是yin阳了吧。16、物入目中：左手爪甲，刀刮屑末，灯草蘸点翳上，三次即出也。指甲倒也罢了，左手很诡异。17、噎膈反胃，诸药不效：真阿魏一钱，野外干人屎三钱，为末。五更以姜片蘸食，能起死人。起死回生人屎丹，卖个好价钱吧18、五se丹毒：黄龙（人屎）汤饮二合，并涂之，良。最给力的方子，无语了。还有30多个人屎入药的妙方，不忍再叙。19、热病咽痛：童便三合，含之即止。即止！建议中医骗都用这招，免得被质疑疗效。20、消渴重者：众人溺坑中水，取一盏服之。勿令病患知，三度瘥。须多建公共厕所。21、猝然腹痛：令人骑其腹，溺脐中。敢给我开这方子，直接就把中医骗扔粪坑里。22、金疮血出不止：饮人尿五升。五升？海量，肯定喝高。23、子死腹中：以夫尿二升，煮沸饮之。又是yin阳，窑姐子死腹中喝谁的尿？24、走马牙疳：用妇人尿桶中白垢（火）一钱，铜绿三分，麝香一分，和匀贴之，尤有神效。]大力推广此方，储备些尿桶准备发财。25、热病劳复：丈夫热病瘥后，交接复发，忽卵缩入肠，肠痛yu死。烧女人月经赤衣为末，熟水服方寸匕，即定。何不让同仁堂依此方制成大力丸？26、令妇不妒：取妇人月水布裹蛤蟆，于厕前一尺，入地五寸埋之。该妇从次

此不妒？天人感应了还是跳大神？27、金疮内漏：取疮内所出血，以水和，服之。疮血含有大量细菌呀，李时珍不知，不知者不怪。28、小儿赤疵：针父脚中，取血贴之，即落。这招神奇，还即落？谁见过？29、灭瘢：人jing和鹰屎白涂之，数ri愈。可据此开发新化妆品，**易得，鹰屎难觅，可以鸡屎代之。30、竹木入肉，针拨不尽者：以人齿垢封之，即不烂也。古人不刷牙吧，故齿垢易得。今人牙齿洁净，此方推广较难。31、[眼泪，咸，有毒。凡母哭泣堕子目，令子伤睛生翳。女士千万不能哭，会伤害孩子的眼睛，这道理要用脚后跟想。32、[人魄此是缢死人，其下有物如麸炭，即时掘取便得，稍迟则深入矣。不掘则必有再缢之祸。镇心，安神魄，定惊怖颠狂，磨水服之。超出天人感应了，神鬼魂魄都来了，李时珍忒不地道，已经吊死一个了还吓唬人家，医德有问题。33、[男子**：主蛇咬，以口含二十条咽汁，令毒不入腹。]原来长毛是为了治蛇咬，如何进化来的？34、横生逆产：用夫**二七茎烧研，猪膏和，丸大豆大，吞之。孩子真乖，见老爸**既转体180度。35、妇人**：主五淋及yin阳易病。材料广泛价廉，可制成丸散或复方推广。36、[折伤：死童子骨，香瓜子仁炒干，为末。好酒下，止痛极速。]吃骨补骨，不怎么稀奇。37、[天灵盖：用天灵盖如梳大，炙黄，以水五升，煮取二升，分三服，起死神方也。]建议同仁堂制成起死回生丹，医院全部关门。38、人势（**）：主治下蚕室，创口不合。此方现今难以应用，谁的老二肯给你当药吃？断人子孙，李时珍不厚道。39、久疟连年、噎食不下：用生人胆一个，盛糯米令满，入麝香少许，突上yin干。一半青者治疟，一半黑者治噎，并为末。每服十五粒，疟用陈皮汤下，噎用通草汤下。胆也不能给别人当药吃啊。40、木乃伊芳有人年七八十岁。既死，国人殓以石棺，仍满用蜜浸之。俟百年后起封，则成蜜剂。遇人折伤肢体，服少许立愈。除了恶心还是恶心，这个李时珍，太能恶搞了。41[缚猪绳：主治小儿惊啼，发歇不定，用腊月者烧灰，水服少许。缚人绳岂不更好，与猪何干？42、解一切毒：母猪屎，水和服之。同仁堂可制成大力解毒丸。43、口唇生核：猪屎绞汁温服。鲜榨汁始于李时珍。44、女人yin痒：炙猪肝纳入，当有虫出。中医骗慎开此方，恐被病人老公暴打。45、小儿疟疾：乌猫屎一钱，桃仁七枚，同煎，服一盏立瘥。不管黑猫白猫，抓住耗子就是好猫。李时珍不懂政治。46、耳聋：人中白一分，干地龙一条。为末，以乌驴驹尿一合和匀，瓷器盛之。每滴少许入耳。立瘥。瘥就是痊愈，一见立瘥不由不笑，忽悠谁呢？47、风虫牙痛：白马屎汁，随左右含之，不过三口愈。白马上有王子乎？48、一切漏疾：白马通汁，每服一升，良。通即马屎，一升可是不少啊，剂量也是胡来。49、妇人血病：五se带下，白马左蹄烧灰。酒服方寸匕，ri三。左蹄这么好使？此白马右蹄跛了？50、猝死尸厥：用白马前脚夜目二枚，白马尾十四茎，合烧，以苦酒丸如小豆大。白汤灌下二丸，须臾再服，即苏。不可理喻、神乎其技。51、胁漏出水不止：用乌牛耳垢敷之，即瘥。这个容易理解，就是堵住嘛，烂泥也能堵住，不必sao扰老牛。52、水肿尿涩：用乌犍牛尿半升，空腹饮。小便利，良。半升不算多，中医粉可以试试。53、小儿夜啼：牛屎一块安席下，勿令母知。匪夷所思了，这哪是药典，巫婆神汉秘籍吧？54、小儿霍乱猝起者：用白狗屎一丸，绞汁服之。中医粉踊跃使用此方，消灭小区内狗屎。55、疳痢yu死：新羊屎一升，水一升，渍一夜，绞汁顿服，ri午乃食。极重者，不过三服瘥。又瘥了，吃屎即瘥，李时珍用药之jing髓。56、痘后目翳：直往山中东西地上，不许回顾，寻兔屎二七粒，以雌、雄槟榔各一个同磨，不落地，井水调服。百无一失，其效如神。集内经理论之大成，足见功力。57、妇人血崩。老母猪粪烧灰，酒服三钱。荒唐不可理喻的药方，真亏得李时珍想得出来。58、蝙蝠屎可治眼疾。李时珍不知蝙蝠是瞎子也就罢了，吃什么屎长什么本事的理论实在是荒谬绝伦，吃人屎又如何？59、人尿床：以热饭一盏，倾尿床处，拌与食之，勿令病者知。这招怎么想出来的，太有才了，佩服。60、崩中下血：陈年蒸饼，烧存xing，米饮服二钱。起先给我的感觉，《本草纲目》应该讲的是草药，其实不是这样的，此书有十六部，分为水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人。可以说基本上把世间万物都包括其中。也许有同学要问，记载这么多七七八八的东东干嘛？又不是编写《大英百科全书》。呵呵，这些记载的东西都是可以治病的药才。例如服器部记载了裤裆、汗衫、衣带、头巾、裹脚布、蓑衣、草鞋、死人枕席、ri历、钟馗像、桃符、蒲扇、蒲席、锅盖、蒸笼、竹篮、扫帚、马绊绳、厕筹、尿桶等种种ri常用品，不是为了介绍它们的ri常用途，而是为了说明把它们烧烧或者煮一煮就可以治病，读来真让人叹为观止啊。