咸丰加紧抽调文武大员救援南京，先署天师周天爵为安徽巡抚，收拾皖北。周天师再度娱乐亿万观众，上奏咸丰说太平军擅长打仗，若只以兵刃相见，举世大帅均非其敌，取胜关键唯有下毒一途，称老臣但有三十万斤烂肠草，定要洪杨肠穿肚烂。咸丰也有意促成这场搞笑大戏开演，下旨让两广总督叶名琛在一月内搜齐烂肠草三十万斤。一时间，两广药农纷纷上山采药，朝廷也派出士兵三千余人加入声势浩大的采药大军，把盛产烂肠草的山岭统统搞得寸草不生，不少药商发了大财。又据坊间嘲笑，石达开曾派士兵采得数万斤烂肠草卖给周天爵，换回大批火药装备军队。

周天爵以其年高，无力兼顾用兵和民事，力辞安徽巡抚一职，咸丰帝改由刑部侍郎李嘉端任巡抚，以周天爵老于戎阵，赏兵部侍郎衔帮办军务。咸丰帝严饬湖北按察使江忠源，寿chun总兵邓绍良带所部军马赴向荣营中听令，又抽调大批浙江士兵入南京救援。清廷的总体布置是，江宁将军祥厚主持南京防御，江苏巡抚杨文定守镇江，漕督杨殿邦据瓜州，向荣自江南驰援南京，琦善自江北驰援瓜州，企图将太平军尽数歼灭于南京城下。小皇帝不通事务，一番部署与赵括、马谡二位君子不相上下，试想，顺江而下太平军六七十万之众，有战斗力的军队至少有十万，江南那几万清军，守城尚嫌不足，又如何打歼灭战？于是向荣和琦善两大主力统统借故拖延，拒绝遵旨参与南京会战，两员大将心下雪亮，眼前的局势正是：“先到先败，后到后败，同到同败，不到不败”(曾国荃名言)。

南京城虽危在旦夕，文武大员的内斗却正如火如荼。满清在巡抚之上又设总督，督抚同城办公，总督虽然名义上是巡抚的上级，但权力却并不比巡抚大，并不能干涉巡抚理政，是故有清以来，督抚就经常争斗不休。总督陆建瀛和巡抚杨文定因为芜湖一带的防御部署吵得不可开交，杨文定、祥厚等人决定联合起来，赶走陆建瀛。南京的官员先给总督陆建瀛写信，表示不欢迎总督回省，陆建瀛厚着脸皮回来后，闭门三ri，并无属官上门问安、办公。巡抚杨文定早就想脚底抹油了，只是苦于无合适借口逃离这是非之地，于是称自己无法与总督陆建瀛合作，只得出走，企图把自己出走的责任推给总督陆建瀛。此举正中陆建瀛下怀，陆总督正盘算着趁乱把南京城的银粮盘回家去，赶走杨文定自己正好办事。陆建瀛打定赶走杨文定的主意，出言讥讽杨文定是要赖在南京等总督的缺。杨文定搜集到自己确系陆建瀛赶走的证据后，火速撤离。南京最大的两位官员，一为钱，一为命，把战前的南京糟蹋得不成样子。